Hay una página, japanhotel.net, donde puedes reservar alojamiento. Cuentan con hoteles de todo tipo incluyendo los albergues (hostels).

Una habitación doble en un hotel de Kabukicho en Tokio te puede costar alrededor de 70 € para dos personas. Es uno de los barrios que ofrecen mejores precios y el de mayor ambiente nocturno.
Habitaciones dobles en albergues te costarán alrededor de 40 €.

El precio de los billetes de metro, autobuses y trenes son muy semejantes a los de España.

Pero lo mejor de este país es que podrás comer comida de calidad por poco dinero. Está claro que existen infinidad de restaurantes lujosos donde podrás pagar 100 € por persona, pero estos existen en cualquier país. Lo bueno que tiene Japón como muchos otros países de Asia es que se come fuera de casa y la gente no gasta mucho dinero a la hora de comer. En los rascacielos de oficinas hay restaurantes maravillosos con menús inferiores a 5 €. Ah! la entrada a los museos suele ser gratuita.

En consejos sobre Japón hay muy buenas recomendaciones para viajar barato.